Через несколько нагнетательных скважин, каждая из которых вскрывает отдельный пласт, закачивают индивидуальный трассирующий агент при заданном устьевом давлении или группируют скважины по пластам и закачивают одновременно или поочередно индивидуальный трассирующий агент в каждый из выделенных пластов при заданном забойном давлении. Через одну нагнетательную скважину, которая вскрывает одновременно несколько пластов, закачивают несколько индивидуальных трассирующих агентов при заданном устьевом давлении иили при заданных забойных давлениях на каждом пласте. Нагнетательную скважину, которая вскрывает одновременно несколько пластов, оснащают компоновкой для поочередной или одновременно раздельной закачки, при этом каждый пласт оснащен своей секцией, изолирующей его от других пластов пакером, и при заданном для каждого пласта забойном давлении одновременно или поочередно закачивают индивидуальные трассирующие агенты для каждого пласта, при этом управляют процессом закачки с помощью специальных регуляторов иили контролируют процесс с помощью автономных приборов, установленных в скважинных камерах на соответствующих секциях. В качестве трассирующего агента используют соли, устойчивые в пластовых баротермических условиях и не адсорбирующиеся на породах пласта роданиты, флуоресцеин натрия, родамин, нитраты щелочных металлов, сульфаты щелочных металлов, фосфаты щелочных металлов, а также радиоактивные изотопы с заданными периодами полураспада. Изменяют значение забойного давления при закачке трассирующего агента, по меньшей мере, для одного из пластов одной нагнетательной скважины, при этом проводят трассерные исследования на различных заданных забойных давлениях, на основе которых определяют значения критических давлений, при которых происходит скачок увеличения трещин, и устанавливают оптимальные давления нагнетания, меньшие критических, обеспечивающих максимальный коэффициент охвата иили коэффициент заводнения. Многократно периодически дискретно в ручном или непрерывно в автоматизированном режиме регистрируют в добывающих скважинах появление и концентрацию закачанного в каждый из пластов индивидуального трассирующего агента, причем его регистрируют на устье или на выходе из каждого соответствующего пласта непосредственно в соответствующей изолированной секции компоновки или путем раздельного отбора продукции из каждого изолированного пласта. Предварительно путем гидропрослушивания исследуемого пласта выявляют добывающие скважины, взаимодействующие через него исследуемый пласт, с соответствующим пластом исследуемый пласт, в который производят закачку, по меньшей мере, одного трассирующего агента, по меньшей мере, через одну нагнетательную скважину, после чего регистрируют концентрацию закачиваемого трассирующего агента только в этих взаимодействующих добывающих скважинах.